心肌炎(Myocarditis) 在临床病毒学期刊发表的 《青蒿琥酯首次在儿童人类疱疹病毒 6B 型心肌炎治疗中 的应用》一文中，使用青蒿琥酯 5 mg/kg 剂量静脉注射 10 天和口服 5mg/kg 一日 2 次 10 天后治疗干预后，临床状态和心脏功能得到改善。
心内膜心肌活检显示心肌中HHV-6B DNA 水平降低，淋巴细胞性心肌炎组织学表现消失。 达到外植左心室辅助装置的标准，未发现青蒿琥酯的不良反应。
在临床病毒学期刊发表的《染色体整合的人类疱疹病毒 6A 相关青蒿琥酯治疗新生儿心肌炎》一文中， 对一名人类疱疹病毒6A 引起的新生儿心肌炎患儿，以 5 mg/kg 的剂量静脉注射青蒿琥酯 10 天，同时在第 4 天以 5 mg/kg 一天两次的剂量口服给药 10 天。 患儿心脏收缩力 (EF) 从 40% 增加第 34 天的 55%，并随着心脏收缩力的正常化停用所有药物。 她目前情况稳定并且在母乳喂养中茁壮成长。
